三一神殿建成了1462年，在她的丈夫国王詹姆斯二世去世后，玛丽女王在盖尔德雷斯登基。后殿是教堂的一部分，通常有拱形或圆顶的屋顶，并包含一个祭坛。这座哥特式教堂最初位于当时被称为韦弗利山谷的地方，位于卡尔顿山和老城之间。
然而，随着19世纪火车头的出现，大学教堂正好处于城市新火车站计划的中心位置——韦弗利火车站，以沃尔特·斯科特(Walter Scott)的同名历史小说命名爱丁堡最负盛名的作家。
一场关于北英国铁路公司和市政官员之间的斗争随之而来——他们为这个神圣机构的合适位置争论了24年。起初，人们认为卡尔顿山是一个理想的场所，它坐落在城市最著名的建筑之间:纳尔逊纪念碑、城市天文台和国家纪念碑。
最终，人们达成协议，将教堂建在老城的杰弗里街和查尔默街之间。就在关于新地点的争论还在继续的时候，教堂本身正在被拆除，每一块都被编号，这样就可以很容易地重新组装。然而，一些投机取巧的人偷走了一些无人看管的棋子。因此，教堂必须重新设计，以弥补失去的部分。
灰修士的墓园里有一段墙就是由这些偷来的构件组成的。它们可以位于墓地的中间，靠近西侧。就在一组台阶旁边对面是沿着弗洛登墙。
个别的部分已经被拖到了卡尔顿山，所以当教堂等待达成共识时，黏手找到了无人管理的历史建筑材料。因此，最初的设计必须进行调整，以弥补“丢失”的部分。在今天的三一殿，人们可以辨认出刻在砖石上的数字拼图。虽然进入大楼内部的通道目前已被关闭，但仍有许多特色设施可供参观。
屋顶周围有一排令人印象深刻的石像鬼(包括一个厚脸皮的人，其位置相当risqué)，请留意“绿人”的图像，这是一种民间生物，象征着重生。雨果·范·德·戈斯的教堂祭坛三联画作品可以在苏格兰国家美术馆观看。据说它是苏格兰宗教肖像中最精美的祭坛装饰物之一。
三一殿曾经是爱丁堡黄铜摩擦中心的所在地，但现在似乎已经不存在了。教堂的外观可以在任何时候观看，从皇家英里路的Chalmer's Close，或从杰弗里街或Trunk's Close。虽然只在周一到周五开放，但步行15到20分钟就能到达丘特的苏格兰国家美术馆(Scottish National Gallery)。
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