一个古老的故事是这么说的贝尔纳多·奥希金斯，一个释放智利他在临终前给智利总统曼纽尔·布尔内斯写了一封信，要求出售他的遗产，以资助在智利中部的圣诞老人Lucía山上建一座天文台圣地亚哥。
没有真正的证据支持这个故事，但在欧希金斯死后不久，詹姆斯·梅尔维尔·吉利斯中尉在1849年的一次探险中选择了山顶作为天文台。
吉利斯在建立了美国第一个海军天文台之后去了智利。1852年建成圣卢西亚山天文台后，吉利斯回到了美国，但留下了一批管理人员。后来他把这个地方卖给了智利政府，并更名为智利国家天文台。
智利是地球上非官方的天文之都，因为它有许多大的地区很少或没有光污染，降水少，每年大约有200个无云的夜晚。到2020年，中国将拥有世界上70%的天文基础设施。这里有许多专业的、业余的和国际天文机构，还有10多个天文台，包括拉斯坎帕纳斯天文台，它拥有世界上最强大的望远镜之一——巨型麦哲伦望远镜。
1929年，智利大学接管了国家天文台的管理。几十年后，在20世纪60年代，当天文台向东移动约10英里到塞罗Calán时，苏联派遣了天文学家和望远镜来帮助建立新的位置。1973年政变后，苏联切断了与智利的所有外交关系，他们撤出了智利。
国家天文台拥有许多特殊的望远镜，包括47英寸毫米波望远镜(与位于哈佛-史密森天体物理中心的望远镜相同)和日本政府提供的18英寸卡塞格伦反射器。虽然人们普遍认为它是在1962年完成的，当时天文台搬到了Cerro Calán，但它已经运行了160多年。
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